Le Département de l’Administration et des Finances (DAF) joue un rôle transversal dans l’organisation. Le responsable du département définit et veille à la mise en œuvre des procédures financières, matérielles et des technologies de l’information. Il veille à l’organisation et à la conduite des audits comptables, financiers et matériels par les auditeurs externes et assure la mise en œuvre des recommandations des audits internes et externes.
Il est responsable de la production et de la transmission, dans les délais, des rapports financiers et des rapports des audits aux bailleurs. Ce département comprend deux coordinations à savoir, la Coordination Financière et la Coordination de la Planification et de la Budgétisation.